Для безпечної роботи на дошці слід дотримуватися таких правил:

1. Перш ніж почати роботу, забруднену поверхню потрібно добре протерти, щоб мити і чистити маркерні дошки.
2. Залежно від інтенсивності використання магнітної маркерної дошки, її поверхня потрібно добре протерти кілька разів на тиждень.
3. Спочатку витріть насухо залишки маркера. Після цього протріть всю поверхню дошки очищувачем для магнітно-маркерних досок. Для подальшого використання дошка повинна бути абcoлутно сухо. Повторіть процес ще раз до повного зникнення слідів від маркера. Це також слід робити, коли текст довгий час залишався на дошці.
4. Відбитки пальців, цигарковий дим, пил залишають невидиму плівку на поверхні дошки. Така плівка дуже заважає очищення дошки. Це ще одна причина, чому дошка повинна регулярно промирати чистильником для магнітних маркерних дошок.
5. Використовуйте лише спеціальні маркери для дошок. В жодному разі не використовуйте маркери перманентів.
6. Якщо ви, однак, помилково користувалися перманентним маркером, витріть дошку чистою м’якою ганчіркою, просоченою  звичайним засобом для миття стіколу (без спиртових добавок). Це розчинить сліди маркера. Фабрично завдані на дошку лінії, наприклад, на планері, не піддаються впливу вищенаведеного засобу.